Jak każdy lek, Lioton 1000 może powodować działania niepożądane, chociaż nie u każdego one występują.
W pojedynczych przypadkach mogą wystąpić objawy reakcji alergicznych lub objawy reakcji pseudoalergicznych. W takich przypadkach leczenie należy przerwać. U niektórych pacjentów, u których pierwotnie występuje czerwienica prawdziwa, po podaniu miejscowym heparyny w żelu mogą pojawić się zmiany skórne.
Jesli nasili się którykolwiek z obajwów niepożądanych lub wystąpią jakiekolwiek objawy niepożądane nie wymienione w ulotce, należy powiadomić lekarza lub farmaceutę.